1、施肥观念及方式上存在严重的“三重三轻”、“三多三少”现象，即重产出，轻投入，重无机肥，轻有机肥，重氮磷肥，轻钾肥；产出多，投入少，需肥作物多，养地作物少，连作田多，轮作田少。不合理施肥消耗土壤养分资源，破坏土壤结构，导致耕地质量退化严重。

2、肥料施用结构不合理。肥料施用结构直接影响肥料利用率和肥料利用效率，当前肥料当季利用率仅为30%，化肥流失导致面源污染日趋严重。有机肥投入量严重不足，有机养分与无机养分投入比例越来越不合理，耕地有机质下降，农产品品质差；化肥施用不合理，氮肥施用总量过大，特别是作物生长前期施用氮肥过多，造成作物营养生长过旺，后期脱肥，中微量元素缺乏现象普遍存在。同时，在肥料施用方法上存在撒施、表施、施肥位置和时机不当等问题。

3、有机肥料无害化程度不高：有机肥料主要来源于农业生产的各种废弃物，包括各种畜禽的排泄物，在其内部包含有各种各样的有害菌和污染物质（有害病原菌、有毒重金属、有机污染物、某些特殊物质以及非常难闻的异味等），在应用之前需要进行必要的无害化处理过程，否则这些有机肥料中有害物质直接带入土壤，就可能造成土壤污染，并危害农作物根系的正常生长，使施用有机肥的负效应加大。所以需要在使用前进行必要的发酵处理，最好是生物发酵以分解畜禽粪便中的有害物质，通过改变有毒物质的存在形态，降低污染物质的毒性。畜禽粪尿无害化处理的主要办法是通过合理的发酵过程。